为了保证反渗透膜和纳滤膜系统的稳定运行，必须严格处理给水。预处理的目的是去除给水中会对反渗透膜和纳滤膜产生污染或导致恶化的物质。一旦预处理系统不能发挥作用，有污染物进入反渗透和纳滤统，这些物质可能会在膜表面堆积，若给水中含有微生物，它的繁殖会导致更严重的后果。正确把握原水的特征，设计并选择合适的预处理工艺是非常重要的。

为了防止在存储期间膜表面生物的生长和在后续操作中性能的降低，膜元件必须妥善保存和维护。

进水中有许多可导致RO膜表面污染的物质，例如水合金属氧化物、含钙沉淀物、有机物及生物结垢。预处理的目的在于尽量减少这些物质。所以出现污堵时，需要对RO膜进行清洗。

反渗透和纳滤系统给水中的微生物会在膜表面沉降、凝结形成一层生物膜。一般来说生物膜的厚度若超过了一定界度就会形成生物污染。使得原水侧的通路阻力增大，原水和浓水之间的压差增加。同时，由于微生物膜阻挡，系统运行的有效压力也会减少，从而导致系统脱盐率的下降。以下这些消毒方法均含有氧化物质，适用于反渗透和纳滤系统前面的设备和管道。采用这些方法消毒后，必须清洗干净所有管路，确保没有氧化性物质之后，给水才能流入反渗透和纳滤系统。